抗原肽设计一般原则

1、确定抗体的用途（应用程序），并开展一个新的研究项目。有必要澄清感兴趣的蛋白质的一些基本特征，特别是如果你知道蛋白质的存在，它将非常有助于选择抗体易于接触和识别的识别区域。然而，如果没有如此准确的结构信息（主要是在这种情况下），理解研究的用途（应用程序）将影响多肽设计的策略。例如，如果研究重点集中在不同的蛋白质区域，如C端或N端，或在特定状态下的蛋白质，如磷酸化，则根据所需序列设计的多肽和相应的应用程序

2、一般来说，理想的抗原识别区域应具有亲水性、蛋白质表面和结构变形性等特点。因为在大多数自然（自然）环境中，亲水区往往集中在蛋白质表面，而疏水区往往包裹在蛋白质中。同样，抗体只能与蛋白质表面发现的识别区域相互作用。当这些识别区域具有足够的结构变形性并转移到抗体可接触的位置时，它们将与抗体具有高度的亲和力。

3、连续和不连续识别区域的连续区域是指由连续氨基酸序列（残留基础）组成的识别区域。大多数抗体是针对连续识别区域的。抗体可以与此类区域结合，具有很高的亲和力，表明该序列不在蛋白质中。不连续识别区域是指具有一定折叠的多肽序列或连接两个分离的多肽的抗体识别区域。在某些情况下，也可以产生这种不连续识别区域的抗体，但用于免疫的抗原肽必须具有与不连续识别区域相似的二次结构，序列的长度必须相同。

4、为了避免隐藏在蛋白质中的风险，我们通常建议选择蛋白质的N和C端产生的相应抗体，以避免隐藏在蛋白质中的风险。因为在完整的蛋白质中，N，C端通常暴露在蛋白质表面。但是，必须注意的是，膜蛋白的C端疏水性太强，不能用作抗原。

5、我们通常建议抗原多肽的序列长度在8-20个氨基酸残留基础之间。如果序列长度过短，则存在多肽过于特殊、抗体与天然蛋白质之间亲和力（结合能力）不足的风险。同样，如果序列长度超过20，则可能导入二次结构，产生的抗体可能会失去特异性。此外，肽链越长，合成通常越困难，因此不容易获得高纯度产品。

6、选择载体蛋白交联

基本原则：在远离抗体识别区域的一端添加载体蛋白。如果序列中没有Cys，则在N或C端添加Cys是交联的首选方法。

7、常用分析软件MacVecforTM；DNAstarTM；PC-GeneTM。

写到最后：

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