多肽荧光标记和蛋白荧光标记的不同

能否精确标记

多肽荧光标记基本都在多肽合成环节中，就已标记上，这时候几乎所有活性基团完全被保护起来，所以肽的荧光标记是极其精确的定点标记，到最后再经过HPLC纯化，提升被标记肽的纯度至95%之上或98%之上。

比如说某段序列采用FAM标记

序列为：H2N-D1-A2-G3-L4-E5-K6-G7-V8-K9-COOH

序列里有3个氨基，都可以各自标记上FAM，如

标记在N端氨基上：FAM-D1-A2-G3-L4-E5-K6-G7-V8-K9

K6的侧链氨基上：D1-A2-G3-L4-E5-K6(FAM)-G7-V8-K9

K9的侧链氨基上：D1-A2-G3-L4-E5-K6-G7-V8-K9(FAM)

而蛋白的荧光标记是非定点标记的，又被称为任意标记。一般来说一个蛋白分子中会有许多个氨基，巯基，或者是其他基团。比如说荧光基团与蛋白分子的氨基相结合，这是因为氨基的数量不是唯一的，所以蛋白分子和荧光基团会存在很多种结合，最后结果一定是分子结构不单一的混合物。只不过在有些相关研究中，这个原因几乎可以忽略不计，只需蛋白分子被标记上荧光基团就可以了，而不在意荧光基团标记在哪个位点。

荧光分子的使用量

在多肽荧光标记中，一般来说其荧光分子的使用量是蛋白标记使用量的几十倍，乃至数百倍，比如说想取得5mg95%荧光标记的多肽，最少也要200mg或300mg荧光分子。

而蛋白荧光标记可采用等摩尔量的投料比，荧光分子的使用量也许只有几毫克。

所以受荧光分子原材料的价钱限定，多肽荧光标记种类非常少，普遍的就FAM、FITC、TAMRA、RhodamineB等。

荧光标记过后的环境。

多肽荧光标记过后，一般来说可以采用浓度较高的三氟乙酸处理，处于强酸环境中，再通过HPLC纯化。而蛋白荧光标记后的处理就温和多了，可直接通过透析或HPLC纯化。

写到最后：

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